面积单位：公顷
| 序号 | 保护区名称 | 行政区域 | 面积 | 主要保护对象 | 类型 | 级别 | 始建时间 | 主管部门 |
| 吉01 | 波罗湖 | 农安县 | 24915 | 湿地生态系统及鹤、鹳类珍稀濒危鸟类 | 内陆湿地 | 国家级 | 20041025 | 林业 |
| 吉02 | 左家 | 吉林市昌邑区 | 5544 | 天然次生林 | 森林生态 | 省级 | 19820528 | 农业 |
| 吉03 | 松花江三湖 | 吉林市、白山市 | 115253.2 | 森林及水域生态系统 | 森林生态 | 国家级 | 19900213 | 林业 |
| 吉04 | 松花江三湖省级 | 吉林市、白山市 | 1029456.8 | 森林及水域生态系统 | 森林生态 | 省级 | 19900213 | 林业 |
| 吉05 | 关门砬子 | 桦甸市 | 10800 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 19930501 | 水利 |
| 吉06 | 四平山门中生代火山 | 四平市铁东区 | 1062 | 中生代白垩流纹岩火山构造及典型火山地貌 | 地质遗迹 | 省级 | 20000901 | 国土 |
| 吉07 | 伊通河源 | 伊通满族自治县 | 24257 | 森林生态系统 | 森林生态 | 省级 | 20121221 | 林业 |
| 吉08 | 伊通火山群 | 伊通满族自治县 | 764.8 | 基性玄武岩“侵出式”火山地质遗迹和火山景观 | 地质遗迹 | 国家级 | 19831022 | 环保 |
| 吉09 | 北大顶子 | 通化市 | 147 | 森林生态系统及野生植物 | 森林生态 | 市级 | 19911201 | 住建 |
| 吉10 | 湾湾川 | 通化县 | 19200 | 湿地生态系统及地质遗迹 | 内陆湿地 | 市级 | 19911206 | 水利 |
| 吉11 | 石湖 | 通化县 | 1505.7 | 森林及野生动植物 | 森林生态 | 省级 | 19930312 | 林业 |
| 吉12 | 龙湾 | 辉南县 | 15061 | 湿地、森林生态系统及火山湖泊 | 内陆湿地 | 国家级 | 19910801 | 林业 |
| 吉13 | 鹿场 | 柳河县 | 394 | 森林及野生动物 | 森林生态 | 县级 | 19840910 | 林业 |
| 吉14 | 大西岔参场 | 柳河县 | 470 | 森林及野生植物 | 森林生态 | 县级 | 19840910 | 林业 |
| 吉15 | 柳河罗通山 | 柳河县 | 1033 | 森林及野生动植物 | 野生植物 | 省级 | 20100514 | 林业 |
| 吉16 | 哈泥 | 柳河县 | 22230 | 沼泽湿地生态系统 | 内陆湿地 | 国家级 | 19911206 | 林业 |
| 吉17 | 集安 | 集安市 | 6658 | 珍稀濒危野生植物和自然遗迹 | 野生植物 | 省级 | 19920601 | 林业 |
| 吉18 | 白山原麝 | 白山市 | 21995 | 原麝等野生动物及其生境 | 野生动物 | 省级 | 20061229 | 林业 |
| 吉19 | 三道沟刺楸林 | 白山市八道江区 | 1220 | 刺楸林 | 森林生态 | 市级 | 19920113 | 林业 |
| 吉20 | 抚松野山参 | 抚松县 | 8315.63 | 森林及野山参等濒危物种 | 森林生态 | 省级 | 20081031 | 林业 |
| 吉21 | 靖宇 | 靖宇县 | 15038 | 火山群地质遗迹 | 地质遗迹 | 国家级 | 20021101 | 国土 |
| 吉22 | 鸭绿江上游 | 长白朝鲜族自治县 | 20306 | 珍稀冷水性鱼类及其生境 | 野生动物 | 国家级 | 19961001 | 农业 |
| 吉23 | 大阳岔 | 江源县 | 150 | 寒武纪奥陶系地层剖面 | 地质遗迹 | 省级 | 19850901 | 国土 |
| 吉24 | 查干湖 | 前郭尔罗斯蒙古族自治县 | 50684 | 湿地生态系统及珍稀鸟类 | 内陆湿地 | 国家级 | 19860802 | 水利 |
| 吉25 | 腰井子羊草草原 | 长岭县 | 23800 | 草原草甸生态系统、野生动植物 | 草原草甸 | 省级 | 19861118 | 农业 |
| 吉26 | 大布苏 | 乾安县 | 11000 | 泥林、古生物化石及湿地生态系统 | 地质遗迹 | 国家级 | 19930101 | 国土 |
| 吉27 | 扶余洪泛 | 扶余县 | 61010 | 湿地生态系统及珍稀鸟类 | 内陆湿地 | 省级 | 20090722 | 林业 |
| 吉28 | 莫莫格 | 镇赉县 | 144000 | 珍稀水禽、鹤、鹳类野生动植物及湿地生态系统 | 内陆湿地 | 国家级 | 19810308 | 林业 |
| 吉29 | 包拉温都 | 通榆县 | 62190 | 芦苇沼泽为主的天然湿地生态系统及珍稀野生动物栖息地和蒙古山杏林 | 内陆湿地 | 省级 | 20021220 | 林业 |
| 吉30 | 向海 | 通榆县 | 105467 | 丹顶鹤等珍稀水禽、蒙古黄榆等稀有动植物及湿地水域生态系统 | 内陆湿地 | 国家级 | 19810309 | 林业 |
| 吉31 | 凤梧 | 图们市 | 4150 | 湿地生态系统及野生动植物 | 内陆湿地 | 县级 | 19930101 | 水利 |
| 吉32 | 六顶山 | 敦化市 | 300 | 森林及野生动植物 | 森林生态 | 县级 | 19911120 | 林业 |
| 吉33 | 黄泥河 | 敦化市 | 41583 | 北温带森林生态系统及多种珍稀濒危野生动植物 | 森林生态 | 国家级 | 20000401 | 林业 |
| 吉34 | 雁鸣湖 | 敦化市 | 53940 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 国家级 | 19911120 | 林业 |
| 吉35 | 珲春东北虎 | 珲春市 | 108700 | 东北虎、远东豹及其生境 | 野生动物 | 国家级 | 20011022 | 林业 |
| 吉36 | 天佛指山 | 龙井市 | 77317 | 松茸、赤松及森林生态系统 | 森林生态 | 国家级 | 19960513 | 林业 |
| 吉37 | 汪清 | 汪清县 | 42756 | 东北红豆杉及针阔混交林生态系统 | 森林生态 | 省级 | 20021220 | 林业 |
| 吉38 | 长白松 | 安图县 | 112 | 长白松 | 野生植物 | 省级 | 19850130 | 林业 |
| 吉39 | 吉林长白山 | 安图县、抚松县、长白朝鲜族自治县 | 196465 | 火山地貌景观和森林生态系统 | 森林生态 | 国家级 | 19600401 | 林业 |
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