面积单位：公顷
| 序号 | 保护区名称 | 行政区域 | 面积 | 主要保护对象 | 类型 | 级别 | 始建时间 | 主管部门 |
| 渝01 | 王二包 | 重庆市万州区 | 7496 | 常绿阔叶林 | 森林生态 | 省级 | 20011201 | 林业 |
| 渝02 | 江东桫椤 | 重庆市涪陵区 | 2500 | 桫椤及其生境 | 森林生态 | 县级 | 20030801 | 林业 |
| 渝03 | 大木山 | 重庆市涪陵区 | 14480.1 | 常绿阔叶林 | 森林生态 | 省级 | 20010301 | 林业 |
| 渝04 | 白市驿 | 重庆市九龙坡区 | 150 | 鹭类及其生境 | 野生动物 | 县级 | 19980601 | 林业 |
| 渝05 | 金刀峡 | 重庆市北碚区 | 1734 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 县级 | 20001101 | 林业 |
| 渝06 | 茅庵 | 重庆市北碚区 | 1898 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 县级 | 20001101 | 林业 |
| 渝07 | 小三峡 | 重庆市北碚区 | 2847 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 县级 | 20001101 | 林业 |
| 渝08 | 缙云山 | 重庆市北碚区、沙坪坝区、璧山县 | 7600 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 国家级 | 19790401 | 林业 |
| 渝09 | 重庆黑山 | 重庆市万盛区 | 10136 | 常绿阔叶林 | 森林生态 | 县级 | 20011201 | 林业 |
| 渝10 | 华蓥山 | 重庆市渝北区 | 4555.8 | 森林植被等 | 森林生态 | 省级 | 20020601 | 林业 |
| 渝11 | 圣灯山 | 重庆市巴南区 | 19 | 野生植物及森林生态系统 | 野生植物 | 县级 | 19820501 | 林业 |
| 渝12 | 安澜鹭类 | 重庆市巴南区 | 1004 | 鹭类及其生境 | 野生动物 | 省级 | 19990801 | 林业 |
| 渝13 | 武陵山 | 重庆市黔江区 | 7011 | 珙桐、金丝猴、云豹等珍稀动植物 | 野生植物 | 省级 | 20000701 | 林业 |
| 渝14 | 黔江小南海湿地 | 重庆市黔江区 | 8902 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20110101 | 林业 |
| 渝15 | 小南海 | 重庆市黔江区 | 15000 | 地震遗迹 | 地质遗迹 | 省级 | 19990301 | 环保 |
| 渝16 | 中山鹭类 | 重庆市江津区 | 667 | 鹭类及其生境 | 野生动物 | 县级 | 20010401 | 林业 |
| 渝17 | 江津段湿地 | 重庆市江津区 | 1178 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20090401 | 林业 |
| 渝18 | 滚子坪 | 重庆市江津区 | 1933 | 桫椤及其生境 | 野生植物 | 县级 | 20010401 | 林业 |
| 渝19 | 四面山 | 重庆市江津区 | 22433 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 省级 | 19920401 | 林业 |
| 渝20 | 合川大口鲶 | 重庆市合川区 | 2000 | 大口鲶及其生境 | 野生动物 | 县级 | 19991001 | 农业 |
| 渝21 | 金佛山 | 重庆市南川区 | 41850 | 银杉、珙桐、黑叶猴等珍稀野生动植物及森林生态系统 | 野生植物 | 国家级 | 19790701 | 林业 |
| 渝22 | 老瀛山 | 綦江县 | 3414 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 省级 | 20000301 | 林业 |
| 渝23 | 万隆 | 綦江县 | 4800 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 县级 | 20000301 | 林业 |
| 渝24 | 长田 | 綦江县 | 19800 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 县级 | 20010301 | 林业 |
| 渝25 | 西山桫椤 | 大足县 | 988.4 | 桫椤等珍稀植物 | 野生植物 | 县级 | 19980801 | 林业 |
| 渝26 | 黄岭鹭类 | 璧山县 | 1500 | 鹭类及其生境 | 野生动物 | 县级 | 20000901 | 林业 |
| 渝27 | 大巴山 | 城口县 | 136017 | 森林生态系统及崖柏等珍稀野生植物 | 森林生态 | 国家级 | 19790501 | 林业 |
| 渝28 | 龙河湿地 | 丰都县 | 4000.6 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20080101 | 林业 |
| 渝29 | 南天湖 | 丰都县 | 18136.5 | 高山湿地及珍稀野生动植物 | 内陆湿地 | 省级 | 20020316 | 林业 |
| 渝30 | 长寿湖 | 垫江县 | 8912 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20080101 | 林业 |
| 渝31 | 芙蓉江黑叶猴 | 武隆县 | 2160 | 野生动物及其生境 | 野生动物 | 县级 | 20030801 | 林业 |
| 渝32 | 阳水河湿地 | 武隆县 | 6996 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20090201 | 林业 |
| 渝33 | 武隆白马山 | 武隆县 | 7200 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 省级 | 19981001 | 林业 |
| 渝34 | 忠县湿地 | 忠县 | 300 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20080401 | 林业 |
| 渝35 | 巴营 | 忠县 | 2000 | 森林植被 | 森林生态 | 县级 | 20010801 | 林业 |
| 渝36 | 精华 | 忠县 | 4000 | 森林生态系统 | 森林生态 | 县级 | 20010801 | 林业 |
| 渝37 | 忠县天池 | 忠县 | 4200 | 红豆杉、水杉等珍稀植物 | 野生植物 | 县级 | 19570201 | 林业 |
| 渝38 | 石子 | 忠县 | 5333 | 森林植被 | 森林生态 | 县级 | 20010801 | 林业 |
| 渝39 | 彭溪河湿地 | 开县 | 3686 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 市级 | 20080101 | 林业 |
| 渝40 | 雪宝山 | 开县 | 23452 | 森林及珍稀动植物 | 森林生态 | 国家级 | 20000401 | 林业 |
| 渝41 | 小江湿地 | 云阳县 | 6736 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20081201 | 林业 |
| 渝42 | 七曜山 | 云阳县 | 10174.79 | 森林生态系统 | 森林生态 | 省级 | 20050401 | 林业 |
| 渝43 | 天坑地缝 | 奉节县 | 26458 | 地质遗迹 | 地质遗迹 | 省级 | 19981201 | 环保 |
| 渝44 | 天鹅湖 | 奉节县 | 1333.24 | 森林生态系统 | 森林生态 | 县级 | 20021001 | 环保 |
| 渝45 | 梨子坪 | 巫山县 | 1397 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 县级 | 20000920 | 林业 |
| 渝46 | 巫山段湿地 | 巫山县 | 24549 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20071201 | 林业 |
| 渝47 | 五里坡 | 巫山县 | 35276.6 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 省级 | 20000901 | 林业 |
| 渝48 | 江南 | 巫山县 | 37051.9 | 亚热带常绿阔叶林 | 森林生态 | 省级 | 20000901 | 林业 |
| 渝49 | 阴条岭 | 巫溪县 | 22423.1 | 珙桐等珍稀植物 | 野生植物 | 国家级 | 20000801 | 林业 |
| 渝50 | 石柱段湿地 | 石柱县 | 1529.49 | 湿地生态系统 | 内陆湿地 | 县级 | 20090401 | 林业 |
| 渝51 | 大风堡 | 石柱土家族自治县 | 22043.2 | 水杉及其生境 | 野生植物 | 省级 | 19901101 | 林业 |
| 渝52 | 太阳山 | 秀山土家族苗族自治县 | 17200 | 森林、水源地 | 森林生态 | 县级 | 20000801 | 林业 |
| 渝53 | 三黛沟 | 酉阳土家族苗族自治县 | 9400 | 大鲵及其生境 | 野生动物 | 县级 | 19890701 | 农业 |
| 渝54 | 大板营 | 酉阳土家族苗族自治县 | 21246.4 | 森林及红腹锦鸡、水杉等珍稀动植物 | 森林生态 | 省级 | 19991001 | 林业 |
| 渝55 | 乌江彭水长溪河 | 彭水苗族土家族自治县 | 83 | 特有鱼类及其生境 | 野生动物 | 省级 | 20070201 | 农业 |
| 渝56 | 七跃山 | 彭水苗族土家族自治县 | 62000 | 珍稀野生植物 | 野生植物 | 县级 | 20001001 | 林业 |
| 渝57 | 茂云山 | 彭水苗族土家族自治县 | 129000 | 珍稀野生动物 | 野生动物 | 县级 | 20001001 | 林业 |
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