为加快推进第二次全国污染源普查，指导各级普查机构做好经费申请工作，依据国务院《关于开展第二次全国污染源普查的通知》，普查办编制了《第二次全国污染源普查项目预算编制指南》（以下简称《预算编制指南》），并以国务院第二次全国污染源普查领导小组办公室的名义下发至普查相关单位。《预算编制指南》主要包括：

　　明确中央财政预算编制范围。包括工业源（含工业园区）、农业源、生活源、集中式污染治理设施、移动源、伴生放射性矿普查技术规范制订及组织实施，污染源普查数据采集信息化平台建设，普查数据质量控制，普查宣传培训，普查工作试点，普查工作总结表彰及数据分析应用，第二次全国污染源普查工作办公室运行保障等12项任务。

　　明确地方财政预算编制范围。各级地方污染源普查工作重点有所差异，具体支持范围可参考中央财政预算支持事项，主要包括污染源普查前期准备工作、全面普查工作、成果总结与表彰等3项内容。

　　明确经费申请程序。各级污染源普查领导小组办公室根据普查工作方案确定年度工作任务计划，编制普查项目预算申报书，经同级财政部门审核后，列入相关部门的年度预算，按部门预算管理程序拨付资金。