企业达标排放和满足总量指标控制要求是现有企业污染治理的最基本要求，超标和超总量排放污染物将依法实施处罚，国家层面对于现有企业其许可限值按达标排放和总量控制指标来核定，即不因为实施排污许可制改革而增加对企业的额外负担，这有利于排污许可证制度顺利与现有环境管理要求相衔接，从而保障排污许可制度的有效推行，以最小的制度改革成本推进制度的快速落地，实现管理效能的提高。同时也有利于实现企业间的公平。

此外，《方案》同时也指出对于环境质量不达标或有改善需求的地区，环保部门可以通过提高排放标准、制定环境质量限期达标规划等手段对排污单位提出更加严格的要求。